Paarweises Alignment

So alignierst du zwei DNA- oder Proteinsequenzen

1. Wähle DNA oder Protein und füge die beiden Sequenzen ein.
2. Stell die Strafen für Gap-Öffnung und -Verlängerung ein, bei DNA auch die Werte für Treffer und Fehlpaarung. Hak Freie Endlücken an, wenn eine Sequenz in der anderen liegt.
3. Klick auf Alignieren, um das Alignment mit Identität, Lücken und Score zu sehen, bei Proteinen auch die Ähnlichkeit.

Häufige Fragen

Welche Methode wird verwendet?

Ein globales Alignment (Needleman-Wunsch) mit affinen Lückenstrafen, sodass eine lange Lücke weniger kostet als viele kurze.

Welche Bewertungsmatrix wird verwendet?

BLOSUM62, mit einem globalen Alignment (Needleman-Wunsch) und affinen Lückenstrafen.

Was bedeuten die Zeichen zwischen den Zeilen?

Ein senkrechter Strich markiert identische Reste, ein Doppelpunkt ähnliche.

Wie lang dürfen die Sequenzen sein?

Etwa 5.000 mal 5.000 Buchstaben, da das ganze Alignment in deinem Browser läuft.

Wird meine Sequenz hochgeladen?

Nein. Alles läuft in deinem Browser, deine Sequenzen verlassen dein Gerät also nicht.