محاذاة زوجية

كيف تحاذي تسلسلي DNA أو بروتين

1. اختر DNA أو بروتين والصق التسلسلين.
2. حدد عقوبتي فتح الفجوة وتمديدها، وفي DNA درجتي التطابق وعدم التطابق. فعّل فجوات الأطراف المجانية إذا كان أحد التسلسلين داخل الآخر.
3. انقر حاذِ لترى المحاذاة مع التطابق والفجوات والنتيجة، ومع التشابه في البروتينات.

الأسئلة الشائعة

ما الطريقة المستخدمة؟

محاذاة شاملة (Needleman-Wunsch) بعقوبات فجوات تآلفية، فالفجوة الطويلة تكلف أقل من فجوات قصيرة كثيرة.

ما مصفوفة التقييم المستخدمة؟

BLOSUM62، مع محاذاة شاملة (Needleman-Wunsch) وعقوبات فجوات تآلفية.

ماذا تعني الرموز بين السطور؟

الخط العمودي يدل على بقايا متطابقة، والنقطتان على بقايا متشابهة.

ما الطول المسموح للتسلسلات؟

نحو 5000 في 5000 حرف، لأن المحاذاة كلها تجري في متصفحك.

هل يُرفع تسلسلي؟

لا. كل شيء يعمل في متصفحك، فلا تغادر تسلسلاتك جهازك أبدًا.