Парное выравнивание

Как выровнять две последовательности ДНК или белка

1. Выберите ДНК или белок и вставьте обе последовательности.
2. Задайте штрафы за открытие и продление пропуска, а для ДНК ещё и баллы за совпадение и несовпадение. Отметьте «Бесплатные концевые пропуски», если одна последовательность лежит внутри другой.
3. Нажмите «Выровнять», чтобы увидеть выравнивание с идентичностью, пропусками и счётом, а для белков ещё и сходство.

Частые вопросы

Какой метод используется?

Глобальное выравнивание (Нидлман — Вунш) с аффинными штрафами за пропуски, поэтому один длинный пропуск обходится дешевле многих коротких.

Какая матрица замен используется?

BLOSUM62, с глобальным выравниванием (Нидлман — Вунш) и аффинными штрафами за пропуски.

Что означают символы между строками?

Вертикальная черта отмечает идентичные остатки, а двоеточие — сходные.

Какой длины могут быть последовательности?

Около 5000 на 5000 букв, так как всё выравнивание выполняется в браузере.

Мои последовательности загружаются на сервер?

Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.