Alinhar duas sequências

Como alinhar duas sequências de DNA ou proteína

1. Escolha DNA ou proteína e cole as duas sequências.
2. Defina as penalidades de abertura e extensão de gap e, para DNA, os escores de acerto e erro. Marque Gaps livres nas pontas se uma sequência estiver dentro da outra.
3. Clique em Alinhar para ver o alinhamento com a identidade, os gaps e o escore e, em proteínas, a similaridade.

Perguntas frequentes

Qual método é usado?

Um alinhamento global (Needleman-Wunsch) com penalidades de gap afins, então um gap longo custa menos que muitos curtos.

Qual matriz de pontuação é usada?

BLOSUM62, com um alinhamento global (Needleman-Wunsch) e penalidades de gap afins.

O que os símbolos entre as linhas significam?

Uma barra vertical marca resíduos idênticos e dois pontos marcam resíduos similares.

Qual o tamanho máximo das sequências?

Cerca de 5.000 por 5.000 letras, já que o alinhamento todo roda no seu navegador.

Minha sequência é enviada?

Não. Tudo roda no seu navegador, então suas sequências nunca saem do seu dispositivo.