İkili hizalama

İki DNA ya da protein dizisi nasıl hizalanır

1. DNA ya da protein seç ve iki diziyi yapıştır.
2. Boşluk açma ve uzatma cezalarını, DNA için eşleşme ve uyumsuzluk skorlarını da ayarla. Bir dizi diğerinin içindeyse Ücretsiz uç boşlukları’nı işaretle.
3. Hizalamayı özdeşlik, boşluklar ve skorla, proteinlerde benzerlikle birlikte görmek için Hizala’ya tıkla.

Sık sorulan sorular

Hangi yöntemi kullanıyor?

Afin boşluk cezalarıyla global hizalama (Needleman-Wunsch); böylece tek bir uzun boşluk birçok kısa boşluktan daha az maliyetlidir.

Hangi puanlama matrisini kullanıyor?

Global hizalama (Needleman-Wunsch) ve afin boşluk cezalarıyla BLOSUM62.

Satırlar arasındaki simgeler ne anlama geliyor?

Dikey çizgi özdeş kalıntıları, iki nokta benzer olanları işaretler.

Diziler ne kadar uzun olabilir?

Yaklaşık 5.000’e 5.000 harf, çünkü bütün hizalama tarayıcında çalışır.

Dizilerim yükleniyor mu?

Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.