Alignement par paire
Comment aligner deux séquences d’ADN ou de protéine
- Choisissez ADN ou protéine et collez les deux séquences.
- Réglez les pénalités d’ouverture et d’extension de gap et, pour l’ADN, les scores d’appariement et de mésappariement. Cochez Gaps terminaux gratuits si une séquence est contenue dans l’autre.
- Cliquez sur Aligner pour voir l’alignement avec l’identité, les gaps et le score, et pour les protéines la similarité.
Questions fréquentes
Quelle méthode est utilisée ?
Un alignement global (Needleman-Wunsch) avec pénalités de gap affines, si bien qu’un long gap coûte moins cher que plusieurs courts.
Quelle matrice de score est utilisée ?
BLOSUM62, avec un alignement global (Needleman-Wunsch) et des pénalités de gap affines.
Que signifient les symboles entre les lignes ?
Une barre verticale marque les résidus identiques et deux-points les résidus similaires.
Quelle longueur pour les séquences ?
Environ 5 000 par 5 000 lettres, car tout l’alignement se fait dans votre navigateur.
Ma séquence est-elle envoyée ?
Non. Tout fonctionne dans votre navigateur : vos séquences ne quittent jamais votre appareil.
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