AvrII-Erkennungssequenz

AvrII auf einen Blick

5' C|CTAGG 3'
3' GGATC|C 5'

So findest du AvrII-Schnittstellen in einer Sequenz

1. Füge oben eine DNA-Sequenz oder einen FASTA-Eintrag ein. AvrII steht schon unter Nur diese Enzyme.
2. Setze bei einem Plasmid das Häkchen bei Zirkuläre DNA, damit auch eine Stelle über Ende und Anfang hinweg gefunden wird.
3. Die Karte markiert jeden AvrII-Schnitt mit seiner Position. Das Ergebnis darunter kannst du kopieren oder herunterladen.

Häufige Fragen

Welche Sequenz schneidet AvrII?

AvrII erkennt CCTAGG (von 5' nach 3' geschrieben) und schneidet den oberen Strang bei C^CTAGG.

Erzeugt AvrII klebrige oder glatte Enden?

Klebrige Enden: überhängende 5'-Enden mit 4 Basen (CTAG).

Welche Enzyme erzeugen zu AvrII kompatible Enden?

NheI, SpeI und XbaI. Ihre Überhänge sind gleich, daher lassen sich die Enden miteinander ligieren.

Wie oft schneidet AvrII?

Eine Sequenz wie CCTAGG kommt etwa einmal alle 4.096 bp in zufälliger DNA vor. Echte Sequenzen weichen ab, prüfe deine also oben.