ApaI-Erkennungssequenz
ApaI auf einen Blick
5' GGGCC|C 3' 3' C|CCGGG 5'
| Erkennungssequenz | 5'-GGGCCC-3' |
| Schnitt | GGGCC^C |
| Enden | überhängende 3'-Enden mit 4 Basen (GGCC) |
| Erwartete Häufigkeit | etwa einmal alle 4.096 bp in zufälliger DNA |
So findest du ApaI-Schnittstellen in einer Sequenz
- Füge oben eine DNA-Sequenz oder einen FASTA-Eintrag ein. ApaI steht schon unter Nur diese Enzyme.
- Setze bei einem Plasmid das Häkchen bei Zirkuläre DNA, damit auch eine Stelle über Ende und Anfang hinweg gefunden wird.
- Die Karte markiert jeden ApaI-Schnitt mit seiner Position. Das Ergebnis darunter kannst du kopieren oder herunterladen.
Häufige Fragen
Welche Sequenz schneidet ApaI?
ApaI erkennt GGGCCC (von 5' nach 3' geschrieben) und schneidet den oberen Strang bei GGGCC^C.
Erzeugt ApaI klebrige oder glatte Enden?
Klebrige Enden: überhängende 3'-Enden mit 4 Basen (GGCC).
Wie oft schneidet ApaI?
Eine Sequenz wie GGGCCC kommt etwa einmal alle 4.096 bp in zufälliger DNA vor. Echte Sequenzen weichen ab, prüfe deine also oben.
Restriktionsenzyme
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