জৈবপ্রযুক্তি ও আণবিক পদ্ধতি: পাঠ নির্দেশিকা

মূল ধারণা

আণবিক পদ্ধতিগুলো DNA-কে সংখ্যায় রূপান্তর করে: qPCR প্রকাশ পরিবর্তন দেয়, সীমিতকরণ পাচন খণ্ডের আকার দেয়, জেল পরিভ্রমণ থেকে আকার দেয় এবং PCR প্রতিলিপির সংখ্যা দেয়। প্রতিটির একটি ছোট হিসাব আছে।

• qPCR: ΔCt = Ct(লক্ষ্য) − Ct(রেফারেন্স); ΔΔCt = ΔCt(চিকিৎসিত) − ΔCt(নিয়ন্ত্রণ); গুণিতক পরিবর্তন = 2^(−ΔΔCt)। কম Ct মানে শুরুর টেমপ্লেট বেশি।
• রৈখিক DNA-কে k স্থানে কাটা সীমিতকরণ উৎসেচক k + 1 খণ্ড দেয়, আর বৃত্তাকার DNA k খণ্ড। খণ্ডের আকার হল কর্তন স্থান ও প্রান্তের মধ্যবর্তী ব্যবধান।
• জেলে log₁₀(আকার) অতিক্রান্ত দূরত্বের সাথে রৈখিক, তাই ব্যান্ডের আকার লগ স্কেলে মার্কারের মধ্যে অন্তর্বেশন করে পাওয়া যায়।
• PCR প্রতি চক্রে বিকৃতিকরণ (প্রায় 95 °C), অ্যানিলিং (প্রায় 55 °C) ও প্রসারণ (প্রায় 72 °C) চালায়, এবং আদর্শ প্রতিলিপি N₀ × 2ⁿ।

মূল সমীকরণ

• fold change = 2^(−ΔΔCt)
• copies = N₀ × 2ⁿ
• fragments (linear) = cuts + 1
• log₁₀(size) falls linearly with distance

সমাধান করা উদাহরণ

রেফারেন্স জিনের Ct দুটি নমুনায় 20। লক্ষ্যের Ct নিয়ন্ত্রণে 26 ও চিকিৎসিতে 24, তাই ΔCt নিয়ন্ত্রণে 6 ও চিকিৎসিতে 4, ΔΔCt = −2 এবং গুণিতক পরিবর্তন 2² = 4। 2 kb ও 7 kb-এ কাটা 10 kb-এর রৈখিক অণু 2, 5 ও 3 kb খণ্ড দেয়, তাই সবচেয়ে বড় 5 kb। 10টি শুরুর প্রতিলিপি ও 20টি আদর্শ চক্রে 10 × 2²⁰ ≈ 1.0 × 10⁷ প্রতিলিপি পাওয়া যায়।

সাধারণ ভুল

• 2^(−ΔΔCt)-এর বদলে 2^ΔΔCt ব্যবহার করা, যাতে গুণিতক পরিবর্তন উল্টে যায়।
• জেলকে লগ স্কেলের বদলে ক্ষারক জোড়ায় রৈখিকভাবে অন্তর্বেশন করা।
• রৈখিক অণুর k কাটে k খণ্ড গোনা। এটি k + 1 হয়।

অনুশীলন

এই বিষয়ের অনুশীলন প্রশ্ন দিয়ে নিজেকে যাচাই করুন: জৈবপ্রযুক্তি ও আণবিক পদ্ধতি