ΔΔCt로 qPCR 배수 변화 계산하는 방법

필요한 것

표적 유전자와 참조 유전자(처리에 따라 발현이 변하지 않는 GAPDH나 ACTB 같은 하우스키핑 유전자)의 Ct 값을 처리군 시료와 대조군 시료에서 측정한 것입니다.

세 단계

참조 유전자로 각 시료 보정: ΔCt = 표적 Ct − 참조 Ct
처리군과 대조군 비교: ΔΔCt = 처리군 ΔCt − 대조군 ΔCt
배수 변화로 변환: 배수 변화 = 2^−ΔΔCt

계산 예

처리군: 표적 Ct 22.1, 참조 Ct 18.0이므로 ΔCt = 4.1. 대조군: 표적 Ct 24.5, 참조 Ct 18.0이므로 ΔCt = 6.5.

ΔΔCt = 4.1 − 6.5 = −2.4이고, 배수 변화 = 2^2.4 = 5.3입니다. 처리군에서 표적이 약 5.3배 더 발현됩니다. 1보다 작으면 발현이 줄었다는 뜻이고, 0.5는 절반입니다.

2^-ΔΔCt로 부족할 때

이 방법은 두 프라이머 쌍의 효율이 100%에 가깝다고, 즉 매 사이클마다 산물이 두 배가 된다고 가정합니다. 표준 곡선으로 확인하며, 보통 90~110%입니다. 효율이 다르면 유전자별 효율을 계산에 넣는 Pfaffl 방법을 씁니다: 비 = E_표적^{ΔCt 표적} ÷ E_참조^{ΔCt 참조}. 여기서 각 ΔCt는 대조군 − 처리군이고 E = 1 + 효율입니다.

반복과 통계

ΔCt를 구하기 전에 기술적 반복(같은 시료의 여러 웰)을 평균합니다.
통계는 배수 변화가 아니라 생물학적 반복의 ΔCt나 ΔΔCt 값으로 합니다. 배수 변화는 정규 분포를 따르지 않기 때문입니다.
증가와 감소를 같은 척도로 보이려면 −ΔΔCt와 같은 log₂ 배수 변화를 보고합니다.

계산기

ΔΔCt 계산기는 반복 Ct 값을 평균하고 ΔCt, ΔΔCt, 배수 변화, log₂ 배수 변화를 구하며, 프라이머 효율을 입력하면 Pfaffl 방법으로 바뀝니다. 표준 곡선을 이용한 절대 정량에서는 DNA 복제 수 계산기로 각 표준의 복제 수를 구할 수 있습니다.

이 가이드에서 쓰는 도구

ΔΔCt 계산기 DNA 카피 수 계산기

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