Toolyard

3D-просмотр молекул

Уравнения этой модели

F = −k (r − r₀)
kсиловая постоянная связи (жёсткость пружины)в Н/м, по инфракрасным спектрам: O–H 780, N–H 650, C–H 480, C–C 450, C=C 960, C=O 1200, N≡N 2300, Na–Cl 100; двойная связь примерно вдвое жёстче одинарной
r₀равновесная длина связиизмеренные длины связей каждой молекулы, в Å (10⁻¹⁰ м): O–H 0,96, C–H 1,09, C–C 1,52, C=O 1,21
rдлина связи (меняется при колебании)графики следят за одной связью каждого типа
Fвозвращающая сила на два атомазакон Гука, в наноньютонах; он стягивает растянутую связь и расталкивает сжатую
×Увеличение смещений (колебания нарисованы крупнее)при комнатной температуре связь растягивается всего примерно на 0,02 Å, на несколько процентов длины, поэтому рисунок преувеличивает движение; графики показывают реальные расстояния

При текущих значениях:

ν = (1 ÷ 2π) √(k ÷ μ), μ = m₁ m₂ ÷ (m₁ + m₂)
μприведённая масса двух атомовв атомных единицах массы; лёгкий водород на тяжёлом атоме даёт малую μ и быстрое колебание
νчастота колебаний связиоколо 10¹³–10¹⁴ раз в секунду; инфракрасный свет той же частоты поглощается, так ИК-спектрометр и узнаёт, какие связи есть в образце
ν̃ = ν ÷ cволновое числов см⁻¹, единица на ИК-спектре; измерено: O–H 3650, C–H 2900, C=O 1700, C–C 1000

При текущих значениях:

⟨E_k⟩ = ½ (3N − 6) k_B T
TТемпература T (насколько сильно дрожат атомы), Kзадаёт кинетическую энергию, распределённую по колебаниям; атомы подталкиваются к ней по ходу движения
3N − 6число колебаний молекулыN атомов; 3N − 5 для линейной молекулы, потому что вращение вокруг собственной оси не является движением
E_kкинетическая энергия атомовизмерена по их скоростям; она перетекает туда и обратно в энергию, запасённую в растянутых пружинах
k_Bпостоянная Больцмана8,617 × 10⁻⁵ эВ на кельвин

При текущих значениях:

M = Σ nᵢ Aᵢ
nᵢчисло атомов каждого элементаберётся из формулы; нижние индексы
Aᵢатомная масса элементав г/моль: H 1,008, C 12,011, N 14,007, O 15,999, Na 22,990, Cl 35,45
Mмолярная массамасса одного моля молекулы

При текущих значениях:

Как пользоваться 3D-просмотром молекул

  1. Выберите молекулу. Атомы окрашены по элементу (белый водород, чёрный углерод, красный кислород, синий азот, зелёный хлор, фиолетовый натрий), а стержни показывают связи. Каждая связь — пружина такой же жёсткости, как настоящая, и атомы дрожат при заданной температуре.
  2. Повысьте температуру, чтобы колебания стали больше, замедлите воспроизведение, чтобы проследить одно растяжение связи O–H (она колеблется туда и обратно 110 триллионов раз в секунду), и уменьшите увеличение, чтобы увидеть, насколько мало реальное движение.
  3. Графики следят за длиной одной связи каждого вида: лёгкие атомы водорода на тяжёлых атомах колеблются быстрее всего, двойные связи — быстрее одинарных. График под уравнениями раскладывает эти частоты в см⁻¹, как пики инфракрасного спектра. Молярная масса складывается из атомов; Калькулятор молярной массы делает то же для любой формулы.

Частые вопросы

Почему связи колеблются?

Химическая связь ведёт себя как пружина: растяните атомы или сожмите их, и сила вернёт их назад. Атомы никогда не бывают неподвижны, поэтому каждая связь растягивается и сжимается с частотой, заданной её жёсткостью и массами на концах, ν = (1 ÷ 2π) √(k ÷ μ). Нагрев увеличивает движение — именно это и означает температура на таком масштабе.

Как это связано с инфракрасным спектром?

Инфракрасный свет ровно с частотой колебания связи поглощается ею. ИК-спектрометр проходит по частотам и записывает, какие поглощаются, поэтому пик около 3650 см⁻¹ говорит об O–H, около 2900 см⁻¹ — о C–H, около 1700 см⁻¹ — о C=O. Частоты здесь получены из той же модели пружин с силовыми постоянными, измеренными по таким спектрам.

Нарисовано ли движение в масштабе?

Нет. При комнатной температуре связь растягивается всего примерно на 0,02 Å, несколько процентов длины, что было бы невидимо, поэтому смещения по умолчанию нарисованы в 10 раз больше. Графики показывают реальные расстояния в ангстремах. Модель классическая; настоящая связь сохраняет нулевые колебания около 0,05 Å даже при абсолютном нуле.

Почему хлорид натрия показан как решётка?

У NaCl нет молекул. Ионы натрия и хлорида укладываются в повторяющуюся кубическую решётку, где каждый ион касается шести ионов другого вида, а формула NaCl даёт лишь соотношение. Просмотр показывает её кусок 3 × 3 × 3; ионы колеблются около своих мест в решётке так же, как атомы молекулы.

Пишет, что WebGL выключен.

Для 3D-вида нужен WebGL, который есть во всех современных браузерах. Он может быть выключен, если в настройках браузера отключено аппаратное ускорение или графический драйвер очень старый. Включите аппаратное ускорение или попробуйте другой браузер.

Загружается ли что-нибудь?

Нет. Симуляцию рисует ваш собственный браузер с помощью WebGL; ничего никуда не отправляется, и после загрузки страницы она работает и офлайн.

Встроить этот инструмент на свой сайт

Ещё симуляции по химии

Ещё научные симуляции

Симулятор движения тела, брошенного под угломСимулятор маятникаСимулятор опыта с двумя щелямиСимулятор электрического поляСимулятор орбитСимулятор пружинного маятникаСимулятор рассеяния РезерфордаСобытие в коллайдереСимулятор радиоактивного распадаСимулятор атома БораСимулятор диффузии и осмосаПросмотр сворачивания ДНК и РНКСимулятор роста бактерийСимулятор центрифугиСимулятор линз и зеркалСимулятор стоячих волнСимулятор эффекта ДоплераСимулятор столкновений и импульсаСимулятор RC- и RL-цепейСимулятор заряженной частицы в магнитном полеСимулятор излучения абсолютно чёрного телаСимулятор специальной теории относительностиСимулятор преломления и полного внутреннего отраженияСимулятор последовательных и параллельных цепейСимулятор течения жидкости и закона БернуллиСимулятор электромагнитной индукции3D-просмотр атомных орбиталейСимулятор ферментативной кинетикиСимулятор потенциала действияСимулятор ПЦРСимулятор естественного отбора и популяционной генетикиСимулятор сердца и сердечного циклаСимулятор гель-электрофорезаСимулятор митоза и мейозаСимулятор синтеза белка: транскрипция и трансляцияСимулятор фотосинтеза и лимитирующих факторовСимулятор популяций хищников и жертвСимулятор распространения эпидемии: SIR и SEIRСимулятор времён года и продолжительности дняСимулятор тектоники плит и землетрясенийСимулятор фаз Луны, приливов и затменийСимулятор парникового эффектаСимулятор эволюции звёзд и диаграммы Герцшпрунга — РасселаСимулятор доски ГальтонаСимулятор рядов Фурье

Похожие калькуляторы и инструменты

Похожие симуляции

Руководства