Calculs de laboratoire de biologie moléculaire : guide d’étude

Idées clés

La paillasse de biologie moléculaire fonctionne avec un petit ensemble de calculs : quelle quantité d’ADN contient un tube, comment le diluer, combien d’insert ligaturer et à quelle température une amorce s’hybride.

• L’ADN bicaténaire à A₂₆₀ = 1 vaut environ 50 µg/mL. Multipliez par le facteur de dilution, et par 40 pour l’ARN et 33 pour l’ADN monocaténaire.
• La règle de Wallace pour les amorces courtes est Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C), en °C. Hybridez quelques degrés sous la plus basse Tm du couple.
• Pour la ligature, masse d’insert = rapport molaire × masse de vecteur × (longueur de l’insert ÷ longueur du vecteur).
• Une dilution en série multiplie les facteurs, donc trois étapes 1:10 donnent 1:1000. Nombre de copies = masse × 6,022 × 10²³ ÷ (longueur × 660 × 10⁹), la masse étant en nanogrammes.

Équations clés

• conc (µg/mL) = A₂₆₀ × 50 × dilution
• Tm = 2(A+T) + 4(G+C)
• insert ng = ratio × vector ng × insert length ÷ vector length
• copies = mass × 6.022×10²³ ÷ (length × 660 × 10⁹)

Exemple résolu

Une dilution 1:10 d’un échantillon d’ADN donne A₂₆₀ = 0,50, donc la solution mère est à 0,50 × 50 × 10 = 250 µg/mL. Une amorce de 20 nucléotides avec 10 A ou T et 10 G ou C a Tm = 2 × 10 + 4 × 10 = 60 °C. Pour un vecteur de 3 kb à 50 ng et un insert de 1 kb à un rapport molaire de 3:1, insert = 3 × 50 × (1 ÷ 3) = 50 ng.

Erreurs fréquentes

• Oublier le facteur de dilution en convertissant une lecture d’A₂₆₀ en concentration.
• Utiliser un rapport massique quand un rapport molaire est demandé.
• Utiliser la règle de Wallace pour des amorces longues, où des formules corrigées de la teneur en sel sont nécessaires.

Pratique

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