Perhitungan laboratorium biologi molekuler: panduan belajar

Gagasan utama

Meja kerja biologi molekuler berjalan dengan sedikit perhitungan: berapa banyak DNA dalam tabung, bagaimana mengencerkannya, berapa banyak sisipan yang diligasi, dan pada suhu berapa primer menempel.

• DNA untai ganda pada A₂₆₀ = 1 sekitar 50 µg/mL. Kalikan dengan faktor pengenceran, dan 40 untuk RNA serta 33 untuk DNA untai tunggal.
• Aturan Wallace untuk primer pendek adalah Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C), dalam °C. Lakukan penempelan beberapa derajat di bawah Tm terendah pasangan.
• Untuk ligasi, massa sisipan = rasio molar × massa vektor × (panjang sisipan ÷ panjang vektor).
• Pengenceran berseri mengalikan faktornya, sehingga tiga langkah 1:10 menghasilkan 1:1000. Jumlah salinan = massa × 6,022 × 10²³ ÷ (panjang × 660 × 10⁹), dengan massa dalam nanogram.

Persamaan penting

• conc (µg/mL) = A₂₆₀ × 50 × dilution
• Tm = 2(A+T) + 4(G+C)
• insert ng = ratio × vector ng × insert length ÷ vector length
• copies = mass × 6.022×10²³ ÷ (length × 660 × 10⁹)

Contoh soal

Pengenceran 1:10 sampel DNA terbaca A₂₆₀ = 0,50, sehingga stoknya 0,50 × 50 × 10 = 250 µg/mL. Primer 20-mer dengan 10 A atau T dan 10 G atau C memiliki Tm = 2 × 10 + 4 × 10 = 60 °C. Untuk vektor 3 kb pada 50 ng dan sisipan 1 kb dengan rasio molar 3:1, sisipan = 3 × 50 × (1 ÷ 3) = 50 ng.

Kesalahan umum

• Lupa faktor pengenceran saat mengubah pembacaan A₂₆₀ menjadi konsentrasi.
• Memakai rasio massa ketika yang diminta rasio molar.
• Memakai aturan Wallace untuk primer panjang, yang memerlukan rumus terkoreksi garam.

Latihan

Uji dirimu dengan soal latihan tentang topik ini: Perhitungan laboratorium biologi molekuler