分子生物学実験の計算:学習ガイド

重要なポイント

分子生物学の実験台は、少数の計算で回っている。チューブの中の DNA の量、希釈の仕方、ライゲーションするインサートの量、プライマーがアニールする温度である。

• 二本鎖 DNA は A₂₆₀ = 1 でおよそ 50 µg/mL である。希釈倍率をかけ、RNA は 40、一本鎖 DNA は 33 を用いる。
• 短いプライマーのウォレス則は Tm = 2 × (A + T) + 4 × (G + C)(°C)である。対の低いほうの Tm より数度低くアニールさせる。
• ライゲーションでは、インサートの質量 = モル比 × ベクターの質量 × (インサートの長さ ÷ ベクターの長さ) である。
• 段階希釈は倍率を掛け合わせるので、1:10 を 3 回で 1:1000 になる。コピー数 = 質量 × 6.022 × 10²³ ÷ (長さ × 660 × 10⁹) で、質量はナノグラムである。

主な式

• conc (µg/mL) = A₂₆₀ × 50 × dilution
• Tm = 2(A+T) + 4(G+C)
• insert ng = ratio × vector ng × insert length ÷ vector length
• copies = mass × 6.022×10²³ ÷ (length × 660 × 10⁹)

例題

DNA 試料を 1:10 に希釈して A₂₆₀ = 0.50 だったので、原液は 0.50 × 50 × 10 = 250 µg/mL である。A か T が 10、G か C が 10 の 20 塩基のプライマーは Tm = 2 × 10 + 4 × 10 = 60 °C である。50 ng の 3 kb ベクターに 1 kb のインサートをモル比 3:1 で入れるなら、インサート = 3 × 50 × (1 ÷ 3) = 50 ng である。

よくある間違い

• A₂₆₀ の測定値を濃度に換算するとき、希釈倍率を忘れること。
• モル比を求められているのに質量比を使うこと。
• 塩の補正をした式が必要な長いプライマーにウォレス則を使うこと。

練習

このトピックの練習問題で力試しをしましょう:分子生物学実験の計算