タンパク質のモル吸光係数計算

タンパク質のモル吸光係数を計算する方法

1. タンパク質の配列を 1 文字表記で貼り付けます。抗体のように複数の鎖からなるタンパク質は、各鎖を FASTA レコードとしてコピー数だけ貼り付けます。IgG なら H 鎖 2 本と L 鎖 2 本です。
2. システインがジスルフィド結合を作っているか(分泌タンパク質や精製した折りたたみタンパク質の多く)、還元型か(DTT を含む試料や細胞質)を選びます。
3. 280 nm のモル吸光係数が M⁻¹ cm⁻¹ で表示され、Abs 0.1% と分子量も出ます。

よくある質問

モル吸光係数はどう計算していますか？

Pace ら(1995)の方法で、ε280 = 5,500 × トリプトファン数 + 1,490 × チロシン数 + 125 × シスチン数(M⁻¹ cm⁻¹)です。シスチンはジスルフィド結合でつながったシステイン 2 個の組です。ExPASy ProtParam も同じ値を使うので、結果は一致します。

Abs 0.1% とは？

1 mg/mL(0.1%)溶液の 1 cm セルでの 280 nm の吸光度で、モル吸光係数を分子量で割った値です。A280 の測定値をこれで割ると mg/mL の濃度になります。E0.1% とも書き、1% 溶液では E1% = 10 × Abs 0.1% です。

抗体の吸光係数はいくつですか？

一般的なヒトやマウスの IgG では Abs 0.1% が約 1.4(E1% で約 14)で、150 kDa ならモル吸光係数は約 210,000 M⁻¹ cm⁻¹ です。実際の値は可変領域によって変わるので、自分の抗体の値は H 鎖と L 鎖を貼り付けて求めてください。

配列から求めた係数の精度は？

トリプトファンを含むタンパク質なら、多くの場合実測値との差は約 5% 以内です。トリプトファンがないと不確かになり、トリプトファンもチロシンもなければ 280 nm でほとんど吸収しません。ヘムやフラビンなどの結合した補因子も吸収しますが、計算には含まれません。