단백질 흡광계수 계산기

단백질 흡광계수를 계산하는 방법

1. 단백질 서열을 한 글자 코드로 붙여 넣으세요. 항체처럼 여러 사슬로 된 단백질은 각 사슬을 FASTA 레코드로, 사본 수만큼 붙여 넣습니다. IgG라면 중쇄 2개와 경쇄 2개입니다.
2. 시스테인이 이황화 결합을 이루는지(대부분의 분비 단백질과 정제된 접힌 단백질), 환원형인지(DTT가 든 시료나 세포질) 고르세요.
3. 280 nm의 몰 흡광계수가 M⁻¹ cm⁻¹ 단위로 나오고, Abs 0.1%와 분자량도 함께 나옵니다.

자주 묻는 질문

흡광계수는 어떻게 계산하나요?

Pace 등(1995)의 방법으로, ε280 = 5,500 × 트립토판 수 + 1,490 × 티로신 수 + 125 × 시스틴 수(M⁻¹ cm⁻¹)입니다. 시스틴은 이황화 결합으로 연결된 시스테인 한 쌍입니다. ExPASy ProtParam도 같은 값을 쓰므로 결과가 일치합니다.

Abs 0.1%란 무엇인가요?

1 mg/mL(0.1%) 용액을 1 cm 셀에서 잰 280 nm 흡광도로, 몰 흡광계수를 분자량으로 나눈 값입니다. A280 측정값을 이 값으로 나누면 mg/mL 농도가 됩니다. E0.1%라고도 쓰며, 1% 용액이면 E1% = 10 × Abs 0.1%입니다.

항체의 흡광계수는 얼마인가요?

일반적인 사람이나 생쥐 IgG의 Abs 0.1%는 약 1.4(E1% 약 14)이고, 150 kDa이면 몰 흡광계수가 약 210,000 M⁻¹ cm⁻¹입니다. 실제 값은 가변 영역에 따라 달라지므로, 내 항체의 값은 중쇄와 경쇄를 붙여 넣어 구하세요.

서열로 구한 계수는 얼마나 정확한가요?

트립토판이 있는 단백질이라면 대부분 실측값과 약 5% 이내로 맞습니다. 트립토판이 없으면 덜 정확하고, 트립토판과 티로신이 모두 없으면 280 nm에서 거의 흡수하지 않습니다. 헴이나 플라빈 같은 결합 보조인자도 흡수하지만 계산에 들어가지 않습니다.