Calculadora del coeficiente de extinción de proteínas
Cómo calcular el coeficiente de extinción de una proteína
- Pega la secuencia de la proteína en código de una letra. Para una proteína de varias cadenas, como un anticuerpo, pega cada cadena como un registro FASTA, una vez por copia: dos cadenas pesadas y dos ligeras para una IgG.
- Indica si las cisteínas forman puentes disulfuro, como en la mayoría de las proteínas secretadas y purificadas plegadas, o están reducidas, como en una muestra con DTT o en el citoplasma.
- El coeficiente de extinción molar a 280 nm aparece en M⁻¹ cm⁻¹, con la Abs 0,1% y el peso molecular.
Preguntas frecuentes
¿Cómo se calcula el coeficiente de extinción?
Con el método de Pace et al. (1995): ε280 = 5.500 × número de triptófanos + 1.490 × número de tirosinas + 125 × número de cistinas, en M⁻¹ cm⁻¹. Una cistina es un par de cisteínas unidas por un puente disulfuro. ExPASy ProtParam usa los mismos valores, así que los resultados coinciden.
¿Qué es la Abs 0,1%?
La absorbancia a 280 nm de una solución de 1 mg/mL (0,1%) en una cubeta de 1 cm: el coeficiente de extinción molar dividido entre el peso molecular. Divide una lectura de A280 entre ella para obtener la concentración en mg/mL. También se escribe E0,1% o, para una solución al 1%, E1% = 10 × Abs 0,1%.
¿Cuál es el coeficiente de extinción de un anticuerpo?
Para una IgG humana o de ratón típica, la Abs 0,1% es de aproximadamente 1,4 (E1% de unos 14), que para 150 kDa equivale a un coeficiente molar de unos 210.000 M⁻¹ cm⁻¹. El valor real depende de las regiones variables, así que pega las cadenas pesada y ligera para obtener el de tu anticuerpo.
¿Qué precisión tiene un coeficiente calculado a partir de la secuencia?
Para la mayoría de las proteínas queda a menos de un 5% del valor medido, siempre que la proteína tenga triptófanos. Sin triptófano el valor es menos seguro, y sin triptófano ni tirosina la proteína apenas absorbe a 280 nm. Los cofactores unidos, como el hemo o las flavinas, también absorben y no se cuentan.