EcoRI tanıma bölgesi
Kısaca EcoRI
5' G|AATTC 3' 3' CTTAA|G 5'
| Tanıma bölgesi | 5'-GAATTC-3' |
| Kesim | G^AATTC |
| Uçlar | 4 nt uzunluğunda 5' çıkıntı (AATT) |
| Beklenen sıklık | rastgele DNA'da yaklaşık her 4.096 bp'de bir |
| Uyumlu uçlar | MfeI |
Bir dizide EcoRI bölgeleri nasıl bulunur
- DNA dizini ya da FASTA kaydını yukarıdaki kutuya yapıştır. EcoRI zaten «Yalnızca bu enzimler» alanına yazılı.
- Bir plazmitse, sonu ile başını aşan bir bölgeyi de bulmak için «Dairesel DNA» kutusunu işaretle.
- Harita her EcoRI kesimini konumuyla işaretler. Sonucu aşağıdan kopyala ya da indir.
Sık sorulan sorular
EcoRI hangi diziyi keser?
EcoRI, GAATTC dizisini tanır (5'→3' yönünde) ve üst ipliği G^AATTC noktasından keser.
EcoRI yapışkan mı yoksa küt uç mu bırakır?
Yapışkan uçlar: 4 nt uzunluğunda 5' çıkıntı (AATT).
Hangi enzimler EcoRI ile uyumlu uçlar bırakır?
MfeI. Çıkıntıları aynıdır, bu yüzden uçlar ligasyonla birbirine bağlanabilir.
EcoRI ne sıklıkla keser?
GAATTC gibi bir bölge rastgele DNA'da yaklaşık her 4.096 bp'de bir görülür. Gerçek diziler farklılık gösterir, bu yüzden kendininkini yukarıda kontrol et.
Restriksiyon enzimleri
Kesim haritasıAatII tanıma bölgesiAccI tanıma bölgesiAflII tanıma bölgesiAgeI tanıma bölgesiAluI tanıma bölgesiApaI tanıma bölgesiApaLI tanıma bölgesiAscI tanıma bölgesiAvaI tanıma bölgesiAvrII tanıma bölgesiBamHI tanıma bölgesiBclI tanıma bölgesiBglII tanıma bölgesiBsiWI tanıma bölgesiBspHI tanıma bölgesiBsrGI tanıma bölgesiBssHII tanıma bölgesiBstBI tanıma bölgesiClaI tanıma bölgesiDraI tanıma bölgesiEagI tanıma bölgesiEcoRV tanıma bölgesiFseI tanıma bölgesiHaeIII tanıma bölgesiHhaI tanıma bölgesiHincII tanıma bölgesiHindIII tanıma bölgesiHinfI tanıma bölgesiHpaI tanıma bölgesiKpnI tanıma bölgesiMfeI tanıma bölgesiMluI tanıma bölgesiMseI tanıma bölgesiMspI tanıma bölgesiNaeI tanıma bölgesiNcoI tanıma bölgesiNdeI tanıma bölgesiNheI tanıma bölgesiNotI tanıma bölgesiNruI tanıma bölgesiNsiI tanıma bölgesiPacI tanıma bölgesiPmeI tanıma bölgesiPstI tanıma bölgesiPvuI tanıma bölgesiPvuII tanıma bölgesiRsaI tanıma bölgesiSacI tanıma bölgesiSacII tanıma bölgesiSalI tanıma bölgesiSau3AI tanıma bölgesiScaI tanıma bölgesiSfiI tanıma bölgesiSmaI tanıma bölgesiSnaBI tanıma bölgesiSpeI tanıma bölgesiSphI tanıma bölgesiSspI tanıma bölgesiStuI tanıma bölgesiSwaI tanıma bölgesiTaqI tanıma bölgesiXbaI tanıma bölgesiXhoI tanıma bölgesiXmaI tanıma bölgesi
Diğer DNA ve protein dizisi araçları
Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaGenBank özellik çıkarıcıEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıCpG adası bulucuDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR primer istatistikleriPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonDNA ikili hizalamaProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirKodon grafiğiPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları