SpeIの認識部位
SpeIの概要
5' A|CTAGT 3' 3' TGATC|A 5'
| 認識配列 | 5'-ACTAGT-3' |
| 切断位置 | A^CTAGT |
| 末端 | 4塩基の5'突出末端（CTAG） |
| 期待される頻度 | ランダムなDNAで約4,096 bpに1回 |
| 適合する末端 | AvrII, NheI, XbaI |
配列中のSpeI部位を探す方法
- 上の欄にDNA配列またはFASTAレコードを貼り付けます。「これらの酵素のみ」にはSpeIが入力済みです。
- プラスミドの場合は「環状DNA」にチェックを入れると、末尾と先頭にまたがる部位も見つかります。
- マップにはSpeIの切断位置がすべて表示されます。下の結果はコピーやダウンロードができます。
よくある質問
SpeIはどの配列を切断しますか？
SpeIはACTAGT（5'→3'）を認識し、上側の鎖をA^CTAGTの位置で切断します。
SpeIは付着末端と平滑末端のどちらを生じますか？
付着末端です：4塩基の5'突出末端（CTAG）。
SpeIと適合する末端を生じる酵素は？
AvrII、NheI、XbaIです。突出配列が同じなので、末端どうしをライゲーションできます。
SpeIはどのくらいの頻度で切断しますか？
ACTAGTのような部位はランダムなDNAで約4,096 bpに1回現れます。実際の配列では異なるので、上で確認してください。
制限酵素
制限酵素地図AatIIの認識部位AccIの認識部位AflIIの認識部位AgeIの認識部位AluIの認識部位ApaIの認識部位ApaLIの認識部位AscIの認識部位AvaIの認識部位AvrIIの認識部位BamHIの認識部位BclIの認識部位BglIIの認識部位BsiWIの認識部位BspHIの認識部位BsrGIの認識部位BssHIIの認識部位BstBIの認識部位ClaIの認識部位DraIの認識部位EagIの認識部位EcoRIの認識部位EcoRVの認識部位FseIの認識部位HaeIIIの認識部位HhaIの認識部位HincIIの認識部位HindIIIの認識部位HinfIの認識部位HpaIの認識部位KpnIの認識部位MfeIの認識部位MluIの認識部位MseIの認識部位MspIの認識部位NaeIの認識部位NcoIの認識部位NdeIの認識部位NheIの認識部位NotIの認識部位NruIの認識部位NsiIの認識部位PacIの認識部位PmeIの認識部位PstIの認識部位PvuIの認識部位PvuIIの認識部位RsaIの認識部位SacIの認識部位SacIIの認識部位SalIの認識部位Sau3AIの認識部位ScaIの認識部位SfiIの認識部位SmaIの認識部位SnaBIの認識部位SphIの認識部位SspIの認識部位StuIの認識部位SwaIの認識部位TaqIの認識部位XbaIの認識部位XhoIの認識部位XmaIの認識部位
その他のDNA・タンパク質配列ツール
逆相補鎖DNA → RNA 変換FASTA 配列の結合FASTA 配列の分割GenBank → FASTA 変換EMBL → FASTA 変換GenBank フィーチャー抽出EMBL フィーチャー抽出GenBank 翻訳抽出EMBL 翻訳抽出コドンに分割DNA 範囲の抽出タンパク質範囲の抽出DNA ウィンドウ抽出タンパク質ウィンドウ抽出DNA のクリーンアップタンパク質のクリーンアップDNA のグループ表示タンパク質のグループ表示アミノ酸 1文字 → 3文字アミノ酸 3文字 → 1文字DNA 統計タンパク質統計コドン使用頻度CpG アイランド検索DNA の分子量タンパク質の分子量タンパク質の等電点タンパク質の GRAVYDNA パターン検索タンパク質パターン検索DNA のあいまい検索タンパク質のあいまい検索同一性と類似性ORF 検索DNA をタンパク質に翻訳逆翻訳タンパク質アラインメントの逆翻訳PCR プライマー解析PCR 産物制限酵素サマリー制限部位を作る変異2本の DNA をアライン2本のタンパク質をアラインコドン単位のアラインメントコドン最適化CRISPRガイド検索翻訳マッププライマーマップ保存度でアラインメントを色分け性質でアラインメントを色分けコドンプロットプラスミドマップ表示ランダム DNA 配列ランダムタンパク質配列ランダムなコード DNADNA 領域のランダム化タンパク質領域のランダム化DNA のサンプリングタンパク質のサンプリングDNA のシャッフルタンパク質のシャッフルDNA に変異を入れるタンパク質に変異を入れる遺伝暗号表IUPAC コード