حاسبة معامل الامتصاص للبروتينات
كيف تحسب معامل امتصاص بروتين
- الصق تسلسل البروتين برموز الحرف الواحد. لبروتين متعدد السلاسل، مثل جسم مضاد، الصق كل سلسلة كسجل FASTA، مرة لكل نسخة: سلسلتان ثقيلتان وسلسلتان خفيفتان لـ IgG.
- حدد إن كانت السيستئينات تكوّن جسورًا ثنائية الكبريتيد، كما في معظم البروتينات المفرزة والمنقاة المطوية، أو مختزلة، كما في عينة فيها DTT أو في السيتوبلازم.
- يظهر معامل الامتصاص المولي عند 280 nm بوحدة M⁻¹ cm⁻¹، مع Abs 0.1% والوزن الجزيئي.
الأسئلة الشائعة
كيف يُحسب معامل الامتصاص؟
بطريقة Pace et al. (1995): ε280 = 5,500 × عدد التريبتوفانات + 1,490 × عدد التيروسينات + 125 × عدد السيستينات، بوحدة M⁻¹ cm⁻¹. السيستين زوج من السيستئينات يربطهما جسر ثنائي الكبريتيد. يستخدم ExPASy ProtParam القيم نفسها، فتتطابق النتائج.
ما Abs 0.1%؟
امتصاصية محلول تركيزه 1 mg/mL (0.1%) عند 280 nm في خلية قياس طولها 1 cm: معامل الامتصاص المولي مقسومًا على الوزن الجزيئي. اقسم قراءة A280 عليها لتحصل على التركيز بوحدة mg/mL. وتُكتب أيضًا E0.1%، أو لمحلول 1%، E1% = 10 × Abs 0.1%.
ما معامل امتصاص الجسم المضاد؟
لـ IgG بشري أو فأري معتاد، تبلغ Abs 0.1% نحو 1.4 (E1% نحو 14)، وهذا لـ 150 kDa يعادل معاملًا موليًا بنحو 210,000 M⁻¹ cm⁻¹. القيمة الفعلية تعتمد على المناطق المتغيرة، فالصق السلسلتين الثقيلة والخفيفة لتحصل على قيمة جسمك المضاد.
ما دقة معامل محسوب من التسلسل؟
لمعظم البروتينات يكون ضمن 5% من القيمة المقيسة، ما دام البروتين يحتوي على تريبتوفانات. دون تريبتوفان تكون القيمة أقل يقينًا، ودون تريبتوفان ولا تيروسين لا يكاد البروتين يمتص عند 280 nm. العوامل المساعدة المرتبطة، مثل الهيم أو الفلافينات، تمتص أيضًا ولا تُحسب.