Калькулятор коэффициента экстинкции белка

Как рассчитать коэффициент экстинкции белка

1. Вставьте белковую последовательность в однобуквенном коде. Для белка из нескольких цепей, например антитела, вставьте каждую цепь отдельной записью FASTA, по разу на каждую копию: две тяжёлые и две лёгкие цепи для IgG.
2. Выберите, образуют ли цистеины дисульфидные связи, как в большинстве секретируемых и очищенных свёрнутых белков, или восстановлены, как в образце с DTT или в цитоплазме.
3. Появится молярный коэффициент экстинкции при 280 нм в М⁻¹ см⁻¹ вместе с Abs 0,1% и молекулярной массой.

Частые вопросы

Как рассчитывается коэффициент экстинкции?

Методом Pace et al. (1995): ε280 = 5500 × число триптофанов + 1490 × число тирозинов + 125 × число цистинов, в М⁻¹ см⁻¹. Цистин — пара цистеинов, соединённых дисульфидной связью. ExPASy ProtParam использует те же значения, поэтому результаты совпадают.

Что такое Abs 0,1%?

Оптическая плотность при 280 нм раствора 1 мг/мл (0,1%) в кювете 1 см: молярный коэффициент экстинкции, делённый на молекулярную массу. Разделите на него показание A280, чтобы получить концентрацию в мг/мл. Её также записывают как E0,1% или, для 1% раствора, E1% = 10 × Abs 0,1%.

Какой коэффициент экстинкции у антитела?

Для типичного IgG человека или мыши Abs 0,1% около 1,4 (E1% около 14), что для 150 кДа соответствует молярному коэффициенту около 210 000 М⁻¹ см⁻¹. Реальное значение зависит от вариабельных областей, поэтому вставьте тяжёлую и лёгкую цепи, чтобы получить значение для своего антитела.

Насколько точен коэффициент по последовательности?

Для большинства белков он в пределах примерно 5% от измеренного, если в белке есть триптофаны. Для белков без триптофана точность ниже, а белки без триптофана и тирозина почти не поглощают при 280 нм. Связанные кофакторы, например гем или флавины, тоже поглощают и не учитываются.