Оценка размера полос в геле

Как оценить размер полосы по гелю

1. Измерьте, как далеко прошла от лунки каждая полоса маркера, в миллиметрах на распечатке или в пикселях на фото, и введите размеры с расстояниями.
2. Так же измерьте свои полосы и введите их расстояния.
3. Размер каждой полосы определяется по подогнанной кривой, с R² аппроксимации.

Частые вопросы

Как работает аппроксимация?

ДНК движется со скоростью, падающей с логарифмом её длины, поэтому прямая log10(размер) от расстояния хорошо описывает большую часть геля. Криволинейная аппроксимация добавляет квадратичный член, который следует изгибам в самом верху и низу геля.

Откуда измерять?

От одной и той же точки на каждой полосе, обычно от переднего края, считая от дна лунки. Смешивание переднего края одной полосы с серединой другой — главный источник ошибок.

Можно ли измерять в пикселях?

Да. Аппроксимации нужно лишь, чтобы маркер и ваши полосы были измерены в одних единицах, поэтому пиксели с фото геля работают так же, как миллиметры с распечатки. Следите, чтобы фото было снято прямо, а не под углом.

Насколько это точно?

В пределах диапазона маркера обычно с точностью 5–10%. За его пределами аппроксимация экстраполирует и может сильно ошибаться, поэтому полоса, ушедшая дальше самой мелкой полосы маркера, отмечается.

Почему у меня низкий R²?

Либо расстояние введено с опечаткой, либо гель прошёл неравномерно или «улыбнулся», либо размеры маркера не соответствуют маркеру, который вы нанесли. Сначала проверьте крайние значения — они сильнее всего тянут аппроксимацию.

Какие размеры маркера вводить?

Те, что указаны на пробирке. По умолчанию стоит типичный маркер 1 т.п.н., но маркеры у поставщиков различаются, поэтому скопируйте размеры из паспорта своего продукта.