প্রোটিনের শোষণ গুণাঙ্কের হিসাব

একটি প্রোটিনের শোষণ গুণাঙ্ক কীভাবে হিসাব করবেন

1. প্রোটিনের সিকোয়েন্স এক-অক্ষরের কোডে সেঁটে দিন। কয়েকটি শিকলের প্রোটিনে, যেমন একটি অ্যান্টিবডিতে, প্রতিটি শিকল নিজের একটি FASTA নথি হিসেবে সেঁটে দিন, যতগুলো অনুলিপি ততবার: একটি IgG-র জন্য দুটি ভারী আর দুটি হালকা শিকল।
2. সিস্টিনগুলো ডাইসালফাইড বন্ধন গড়ে কি না — বেশির ভাগ ক্ষরিত ও শোধিত ভাঁজ-হওয়া প্রোটিনে যেমন — না সেগুলো বিজারিত, যেমন DTT-সহ একটি নমুনায় বা সাইটোপ্লাজমে, তা বেছে নিন।
3. 280 nm-এ মোলার শোষণ গুণাঙ্কটি M⁻¹ cm⁻¹-এ চলে আসে, সঙ্গে Abs 0.1% আর আণবিক ভর।

সাধারণ প্রশ্ন

শোষণ গুণাঙ্ক কীভাবে হিসাব হয়?

Pace ও সহকর্মীদের (1995) উপায়ে: ε280 = 5,500 × ট্রিপ্টোফ্যানের সংখ্যা + 1,490 × টাইরোসিনের সংখ্যা + 125 × সিস্টিনের সংখ্যা, একক M⁻¹ cm⁻¹। একটি সিস্টিন মানে ডাইসালফাইড বন্ধনে জোড়া এক জোড়া সিস্টিন। ExPASy ProtParam একই মান ব্যবহার করে, তাই ফল মিলে যায়।

Abs 0.1% কী?

1 সেমি ঘরে 1 mg/mL (0.1%) দ্রবণের 280 nm-এ শোষণ: মোলার শোষণ গুণাঙ্ক ভাগ আণবিক ভর। mg/mL-এ ঘনমাত্রা পেতে একটি A280 পাঠ তা দিয়ে ভাগ করুন। এটিকে E0.1% বলেও লেখা হয়, কিংবা 1% দ্রবণের জন্য E1% = 10 × Abs 0.1%।

একটি অ্যান্টিবডির শোষণ গুণাঙ্ক কত?

চেনা একটি মানব বা মাউস IgG-র জন্য Abs 0.1% প্রায় 1.4 (E1% প্রায় 14), যা 150 kDa-র জন্য দাঁড়ায় প্রায় 210,000 M⁻¹ cm⁻¹ মোলার গুণাঙ্ক। আসল মানটি পরিবর্তনশীল অংশগুলোর ওপর নির্ভর করে, তাই নিজের অ্যান্টিবডির সংখ্যার জন্য ভারী আর হালকা শিকল সেঁটে দিন।

সিকোয়েন্স থেকে পাওয়া গুণাঙ্ক কতটা নিখুঁত?

প্রোটিনে ট্রিপ্টোফ্যান থাকলে বেশির ভাগ প্রোটিনেই তা মাপা মানের প্রায় 5%-এর মধ্যে। ট্রিপ্টোফ্যানহীন প্রোটিনে তা কম নিশ্চিত, আর যাতে ট্রিপ্টোফ্যান ও টাইরোসিন দুটিই নেই, তা 280 nm-এ প্রায় কিছুই শোষণ করে না। হিম বা ফ্লেভিনের মতো জুড়ে বসা সহকারকও শোষণ করে, আর সেগুলো গোনা হয় না।