Protein sönüm katsayısı hesaplayıcı

Bir protein sönüm katsayısı nasıl hesaplanır

1. Protein dizisini tek harfli kodla yapıştır. Bir antikor gibi birkaç zincirli bir protein için her zinciri, her kopya için bir kez olmak üzere kendi FASTA kaydı olarak yapıştır: bir IgG için iki ağır ve iki hafif zincir.
2. Sisteinlerin çoğu salgılanan ve saflaştırılmış katlanmış proteinde olduğu gibi disülfit bağı mı oluşturduğunu, yoksa DTT içeren bir örnekte ya da sitoplazmada olduğu gibi indirgenmiş mi olduğunu seç.
3. 280 nm’deki molar sönüm katsayısı M⁻¹ cm⁻¹ cinsinden, Abs %0,1 ve molekül ağırlığıyla birlikte görünür.

Sık sorulan sorular

Sönüm katsayısı nasıl hesaplanıyor?

Pace ve ark. (1995) yöntemiyle: ε280 = 5.500 × triptofan sayısı + 1.490 × tirozin sayısı + 125 × sistin sayısı, M⁻¹ cm⁻¹ cinsinden. Sistin, bir disülfit bağıyla birleşmiş bir sistein çiftidir. ExPASy ProtParam aynı değerleri kullanır; bu yüzden sonuçlar eşleşir.

Abs %0,1 nedir?

1 cm’lik bir küvetteki 1 mg/mL’lik (%0,1) bir çözeltinin 280 nm’deki absorbansı: molar sönüm katsayısının molekül ağırlığına bölümü. mg/mL cinsinden derişimi almak için bir A280 okumasını buna böl. E0,1% ya da %1’lik bir çözelti için E1% = 10 × Abs %0,1 olarak da yazılır.

Bir antikorun sönüm katsayısı nedir?

Tipik bir insan ya da fare IgG’si için Abs %0,1 yaklaşık 1,4’tür (E1% yaklaşık 14); bu 150 kDa için yaklaşık 210.000 M⁻¹ cm⁻¹’lik bir molar katsayı eder. Gerçek değer değişken bölgelere bağlıdır; bu yüzden kendi antikorunun değeri için ağır ve hafif zincirleri yapıştır.

Diziden bir katsayı ne kadar doğru?

Çoğu protein için, protein triptofan içerdiği sürece ölçülen değerin yaklaşık %5’i içindedir. Triptofanı olmayan proteinler daha belirsizdir; ne triptofanı ne tirozini olanlar 280 nm’de neredeyse hiç soğurmaz. Hem ya da flavin gibi bağlı kofaktörler de soğurur ve sayılmaz.