DNA ve moleküler biyoloji: çalışma rehberi

Temel fikirler

DNA, baz eşleşmesi basit sayısal kurallar belirleyen bir çift sarmaldır. Bazları, uzunlukları, kodonları ve PCR kopyalarını saymak olağan hesaplardır.

• Chargaff kuralları: çift sarmal DNA’da A = T ve G = C’dir; yani %A + %G = %50’dir. GC içeriği %G + %C’dir.
• Bir baz çifti sarmal boyunca 0,34 nm yer kaplar; tam bir tur 10 baz çifti (3,4 nm) demektir.
• Üç baz bir kodon oluşturur; bu yüzden n bazlık bir kodlayıcı dizi yaklaşık n ÷ 3 amino asidi kodlar ve m amino asitlik bir polipeptitte m − 1 peptit bağı vardır.
• PCR her döngüde hedefi ikiye katlar: kopya = N₀ × 2ⁿ. Kısıtlama enzimleri belirli bir dizide keser; bu yüzden k kesim k + 1 doğrusal parça verir.

Temel denklemler

• A = T and G = C (Chargaff)
• %A + %G = 50
• length = base pairs × 0.34 nm
• codons = bases ÷ 3
• copies = N₀ × 2ⁿ

Çözümlü örnek

Bir DNA örneğindeki bazların %30’u A ise T de %30’dur; G ve C ise (100 − 60) ÷ 2 = %20’şer. 3000 bç’lik bir gen 3000 × 0,34 = 1020 nm uzunluğundadır ve 1000 kodonu vardır. Bir dur kodonuyla 999 amino asidi kodlar; 998 peptit bağı ve yaklaşık 999 × 110 ≈ 110 kDa kütle verir.

Sık yapılan hatalar

• Chargaff kuralını, A’nın T ya da U’ya eşit olması gerekmeyen tek sarmal DNA ya da RNA’ya uygulamak.
• Dur kodonunu bir amino asit olarak saymak.
• Çift sarmalın uzunluğunu hesaplarken baz çifti yerine baz sayısını kullanmak.

Alıştırma

Bu konudaki alıştırma sorularıyla kendinizi sınayın: DNA ve moleküler biyoloji