Сайт узнавания XmaI
XmaI вкратце
5' C|CCGGG 3' 3' GGGCC|C 5'
| Сайт узнавания | 5'-CCCGGG-3' |
| Разрез | C^CCGGG |
| Концы | 5'-выступающий конец длиной 4 н. (CCGG) |
| Ожидаемая частота | примерно раз на 4 096 п. н. в случайной ДНК |
| Совместимые концы | AgeI |
| Тот же сайт | SmaI (CCC^GGG) |
Как найти сайты XmaI в последовательности
- Вставьте последовательность ДНК или запись FASTA в поле выше. XmaI уже вписан в «Только эти ферменты».
- Отметьте «Кольцевая ДНК», если это плазмида, чтобы найти и сайт, проходящий через конец и начало.
- Карта отмечает каждый разрез XmaI с его позицией. Скопируйте или скачайте результат ниже.
Частые вопросы
Какую последовательность разрезает XmaI?
XmaI узнаёт CCCGGG (в направлении 5'→3') и разрезает верхнюю цепь в месте C^CCGGG.
XmaI оставляет липкие или тупые концы?
Липкие концы: 5'-выступающий конец длиной 4 н. (CCGG).
Какие ферменты оставляют концы, совместимые с XmaI?
AgeI. Их выступы одинаковы, поэтому концы можно лигировать друг с другом.
Как часто разрезает XmaI?
Сайт вроде CCCGGG встречается примерно раз на 4 096 п. н. в случайной ДНК. Реальные последовательности различаются, поэтому проверьте свою выше.
Рестриктазы
Рестрикционная картаСайт узнавания AatIIСайт узнавания AccIСайт узнавания AflIIСайт узнавания AgeIСайт узнавания AluIСайт узнавания ApaIСайт узнавания ApaLIСайт узнавания AscIСайт узнавания AvaIСайт узнавания AvrIIСайт узнавания BamHIСайт узнавания BclIСайт узнавания BglIIСайт узнавания BsiWIСайт узнавания BspHIСайт узнавания BsrGIСайт узнавания BssHIIСайт узнавания BstBIСайт узнавания ClaIСайт узнавания DraIСайт узнавания EagIСайт узнавания EcoRIСайт узнавания EcoRVСайт узнавания FseIСайт узнавания HaeIIIСайт узнавания HhaIСайт узнавания HincIIСайт узнавания HindIIIСайт узнавания HinfIСайт узнавания HpaIСайт узнавания KpnIСайт узнавания MfeIСайт узнавания MluIСайт узнавания MseIСайт узнавания MspIСайт узнавания NaeIСайт узнавания NcoIСайт узнавания NdeIСайт узнавания NheIСайт узнавания NotIСайт узнавания NruIСайт узнавания NsiIСайт узнавания PacIСайт узнавания PmeIСайт узнавания PstIСайт узнавания PvuIСайт узнавания PvuIIСайт узнавания RsaIСайт узнавания SacIСайт узнавания SacIIСайт узнавания SalIСайт узнавания Sau3AIСайт узнавания ScaIСайт узнавания SfiIСайт узнавания SmaIСайт узнавания SnaBIСайт узнавания SpeIСайт узнавания SphIСайт узнавания SspIСайт узнавания StuIСайт узнавания SwaIСайт узнавания TaqIСайт узнавания XbaIСайт узнавания XhoI
Ещё инструменты для последовательностей ДНК и белков
Обратный комплементДНК в РНКОбъединение последовательностей FASTAРазделение последовательности FASTAGenBank в FASTAEMBL в FASTAИзвлечение элементов GenBankИзвлечение элементов EMBLИзвлечение трансляций GenBankИзвлечение трансляций EMBLРазбиение на кодоныИзвлечение участков ДНКИзвлечение участков белкаСкользящее окно ДНКСкользящее окно белкаОчистка ДНКОчистка белкаГруппировка ДНКГруппировка белкаОднобуквенные коды аминокислот в трёхбуквенныеТрёхбуквенные коды аминокислот в однобуквенныеСтатистика ДНКСтатистика белкаЧастота использования кодоновПоиск CpG-островковМолекулярная масса ДНКМолекулярная масса белкаИзоэлектрическая точка белкаGRAVY белкаПоиск мотива в ДНКПоиск мотива в белкеНечёткий поиск в ДНКНечёткий поиск в белкеИдентичность и сходствоПоиск ORFТрансляция ДНК в белокОбратная трансляцияОбратная трансляция белкового выравниванияАнализ праймеров ПЦРПродукты ПЦРСводка рестрикцииМутации для рестрикцииПарное выравнивание ДНКПарное выравнивание белковПарное выравнивание по кодонамОптимизация кодоновПоиск гидов CRISPRКарта трансляцииКарта праймеровРаскраска выравнивания по консервативностиРаскраска выравнивания по свойствамГрафик кодоновПросмотр карты плазмидыСлучайная последовательность ДНКСлучайная белковая последовательностьСлучайная кодирующая ДНКСлучайные участки ДНКСлучайные участки белкаВыборка ДНКВыборка белкаПеремешивание ДНКПеремешивание белкаМутирование ДНКМутирование белкаГенетические кодыКоды IUPAC