パターン検索

DNA やタンパク質でモチーフを探す方法

1. 配列の種類で DNA かタンパク質を選び、配列をテキストまたは FASTA で貼り付けます。
2. パターンを入力します。DNA では W や N などの IUPAC コードがそれぞれの塩基のどれにも一致し、タンパク質では X が任意の残基に一致します。
3. 一致した箇所ごとに開始と終了の位置が、DNA では鎖も表示されます。

よくある質問

正規表現は使えますか？

はい。[ ] ( ) * + ? などの文字を含むパターンは正規表現として扱われます。例：GC[AT]{2,4}GC。

N[^P][ST][^P] は何を探しますか？

N 型糖鎖付加モチーフです。アスパラギン、プロリン以外の任意の残基、セリンまたはトレオニン、プロリン以外の任意の残基の並びです。

配列はアップロードされますか？

いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。