Por que acontece
Um PDF guarda cada linha da página separadamente, então ao copiar um parágrafo aparece uma quebra de linha onde a página quebrava. E-mails em texto simples fazem o mesmo a cada 70 caracteres, mais ou menos.
Juntar todas as linhas
Cole o texto em Localizar e substituir e marque Expressão regular. Procure \s*\n\s* e substitua por um único espaço. Cada quebra de linha, com os espaços ao redor, vira um espaço.
Manter os parágrafos
Em geral os parágrafos são separados por uma linha vazia, e você quer juntar só as linhas de dentro. Com Expressão regular marcada, procure (?<!\n)\n(?!\n) e substitua por um espaço. Isso só pega uma quebra de linha que não tenha outra logo antes ou depois, então as linhas vazias entre parágrafos ficam.
Arrumar os hifens
Se havia palavras divididas entre linhas, como exem- e plo, procure primeiro -\n e substitua por nada. Depois confira palavras que têm hífen de verdade e caíram bem no fim de uma linha.
Outras limpezas
Procure {2,} (um espaço seguido de {2,}) e substitua por um espaço para tirar espaços duplos. Para tirar linhas repetidas, use Remover linhas duplicadas, e confira o tamanho no Contador de palavras.