Por qué pasa
Un PDF guarda cada línea de la página por separado, así que al copiar un párrafo aparece un salto de línea donde la página cortaba. Los correos en texto plano hacen lo mismo a unos 70 caracteres.
Unir todas las líneas
Pega el texto en Buscar y reemplazar y marca Expresión regular. Busca \s*\n\s* y reemplázalo por un solo espacio. Cada salto de línea, con los espacios que lo rodean, se convierte en un espacio.
Conservar los párrafos
Normalmente los párrafos van separados por una línea vacía y solo quieres unir las líneas de dentro. Con Expresión regular marcada, busca (?<!\n)\n(?!\n) y reemplázalo por un espacio. Eso solo encuentra un salto de línea que no tenga otro justo antes o después, así que las líneas vacías entre párrafos se mantienen.
Arreglar los guiones
Si hay palabras partidas entre líneas, como ejem- y plo, busca primero -\n y reemplázalo por nada. Revisa después las palabras que llevan guion de verdad y que cayeron justo al final de una línea.
Otras limpiezas
Busca {2,} (un espacio seguido de {2,}) y reemplázalo por un espacio para quitar espacios dobles. Para quitar líneas repetidas, usa Eliminar líneas duplicadas, y comprueba la longitud con el Contador de palabras.