なぜ改行が入るのか
PDFはページの各行を別々に保存しているため、段落をコピーするとページ上で折り返していた位置ごとに改行が入ります。テキスト形式のメールも70文字前後で同じように折り返されます。
すべての行をつなぐ
文章を検索と置換に貼り付け、正規表現にチェックを入れます。\s*\n\s*を検索し、半角スペース1つに置換します。日本語の文章ならスペースではなく空欄に置換してください。改行とその前後の空白がまとめて置き換わります。
段落は残す
段落と段落の間には普通空行があるので、段落の中の改行だけをつなぎたいはずです。正規表現をオンにして(?<!\n)\n(?!\n)を検索し、置換します。前後に別の改行がない改行だけが対象になるので、段落間の空行は残ります。
ハイフンの修正
英文で単語がexam-とpleのように行をまたいで分かれている場合は、先に-\nを検索して空欄に置換します。そのあと、たまたま行末にあった本物のハイフン付きの語を確認してください。
そのほかの整理
{2,}（半角スペースの後に{2,}）を検索してスペース1つに置換すると、連続したスペースが消えます。重複した行を消すには重複行の削除を使い、最後に単語数カウントで長さを確認します。